Les Livres canoniques ont été reconnus par le peuple d'Israël comme étant Parole de Dieu à travers l'histoire, les prophètes, les sages.  Ces Livres de l'Ancien Testament ont été écrits en hébreu.  
Les Livres du Nouveau Testament ont été rédigés en grec et reconnu comme Parole de Dieu par les croyants et par l'Église dans ses Conciles à travers l'histoire.

Les Livres deutérocanoniques ont écrits en grec également, mais reconnus plus tardivement par le peuple des croyants, c'est-à-dire, l'Église.  Dans la Bible TOB - Traduction Oecuménique de la Bible - ils sont reconnus par les protestants et les catholiques.  Généralement, ils sont placés à la fin de l'Ancien Testament : le livre d'Esther, le livre Judith...  etc.

J’ai lu attentivement votre question afin de vous donner une réponse aussi éclairante que possible.

Une première difficulté réside dans le fait  que vous citez un  texte de l’évangile de Luc et que vous le comparez à un texte de l’évangile de l’apôtre Jean.

Une deuxième difficulté est dans le fait que vous parlez de deux événements différents : chez Luc, il s’agit du moment de la mort de Jésus,  pour Jean, c’est le matin de la Résurrection.

Luc n’est pas un apôtre, il est grec de naissance, il n’a pas connu Jésus, il note dans ses écrits ce qu’il a entendu de la bouche des Apôtres et plus spécialement de Paul.  Ses écrits sont pour des païens, il est donc bon de les aider à comprendre que le salut apporté  par Jésus  est  effectif dès aujourd’hui pour toute personne qui se reconnaît pécheur.  Il le fait en citant ce moment où le Larron en croix  reconnaît que Jésus peut le sauver. Cette réponse de Jésus est aussi pour nous aujourd’hui. La mort et la résurrection de Jésus sont un même moment, il peut donc dire au bon Larron qu’il sera avec lui dès aujourd’hui…

Matthieu (27, 51s.) nous signale qu’à la mort de Jésus les tombeaux s’ouvrent…et des morts ressuscitent !   Alors que Luc écrit vers les années 80, Jean écrit plus tard, vers les années 90.  Il connaît les trois évangiles synoptiques. Il s'adresse aux chrétiens  de tous les temps. Les « trois jours »  dont il est question peuvent nous enseigner que Jean nous parle du temps suffisant pour passer de la mort à la vie… pour signifier  un changement radical !  Il est donc important pour lui de bien faire comprendre, par la rencontre de Jésus et Marie-Madeleine au matin de Pâques, que Jésus ressuscité ne peut pas être retenu comme lorsqu’elle lui avait versé le parfum sur les pieds.  Les notations de temps pour Jean, sont  un moyen  de faire comprendre que, de façon visible, Jésus demeure avec ses Apôtres le temps qu’il faudra  pour fortifier leur foi et consolider son Église, mais qu'il ne peut pas être reconnu par aucune volonté humaine.

Dans tous les textes bibliques, il est bon de chercher à comprendre ce que l’auteur veut nous dire et comment il le dit pour les personnes à qui il s’adresse, donc à nous.

Je souhaite vous avoir aidé un peu à comprendre la lecture de la Parole, démarche qui n’est jamais terminée; n’hésitez pas à revenir  si d’autres questions se posent.